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• Las Nóminas Secretas de Gobernación. Una Investigación sobre los aparatos de inteligencia en los años de Guerra Sucia en México. (2005)

• Coautor del Proyecto Indicadores para un Periodismo de Calidad, patrocinado por la Organización de Estados Americanos (OEA) y la Fundación Prensa y Democracia.

• En coautoría con el novelista Fritz Glokner: Los años que Fuimos. Los orígenes de la lucha social en Puebla. Editado por la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla. (2006)

• La Otra Guerra Secreta: Los archivos prohibidos de la prensa y el poder. Random House Mondadori/Debate (Agosto 2007)

• 1968: Todos los culpables. Random House Mondadori/Debate. (2009)